Michaël Benayoun est né le 2 décembre 1973 à Suresnes. Fils unique d’un professeur reconverti en psychologue d’entreprise et d’une directrice des ressources humaines, il a des origines italiennes du côté de sa mère et algériennes et marocaines du côté de son père. Très tôt, le petit garçon est attiré par la scène. Il va cependant suivre une scolarité classique, et décroche un bac scientifique en 1991. En 1996, il est diplômé de l’école de commerce SKEMA Business School. Il bifurque ensuite et prend des cours de journalisme radio au Studio-Ecole de France puis de théâtre au Cours Florent à Paris.
A la fin des années 90, il débute à la radio sur les ondes de Skyrock. En 2000, repéré par M6, la chaîne lui confie les commandes d’une émission matinale, Le morning Live. Avec son humour potache, Michaël Youn séduit un large public et devient un animateur populaire de la chaîne. Entouré de ces acolytes, notamment de Vincent Desagnat, il enchaîne les gags et crée des personnages fantasques; comme Fatal Bazooka. Il fonde également un groupe baptisé Bratisla Boys. A l'origine, véritable parodie de l’Eurovision, le groupe va sortir plusieurs titres en 2002 (Stach, Stach, Anthologigi, La truite est morte) avant de se séparer. Le Morning Live s’arrête la même année, et le jeune trublion décide de se produire sur scène. Fin 2002, il se lance sur scène avec le spectacle Pluskapoil qu’il va jouer d’abord en tournée en province puis à Paris (jusqu’en mars 2005).
En 2003, par l’entremise du frère de Vincent Desagnat, Michaël Youn fait une incursion remarquée au cinéma. François Desagnat lui confie ainsi le rôle principal de son film, La Beuze, qui rencontre un certain succès. L’année suivante, il récidive, toujours sous la direction de François Desagnat, avec Les 11 commandements et interprète un titre de la bande originale, Comme des connards, avec son nouveau groupe Les conards. L’aspirant acteur reçoit dès lors de nombreuses propositions de scénarios. En 2005, il tourne Iznogoud de Patrick Braoudé, puis l’année suivante Incontrôlable de Raffy Shart, rôle pour lequel il prend plus de 20 kilos. En 2007, il varie les registres avec un rôle plus sombre dans Héros réalisé par Bruno Merle. Depuis, il alterne entre comédies; Lucky Luke (2009), Comme un chef (2012) ou encore Le fantôme de Canterville (2016) et thrillers; La traversée (2012) et Carbone (2017).
Parallèlement, artiste aux multiples casquettes, Michaël Youn passe derrière la caméra pour réaliser son premier film, Fatal, en 2010. Il y incarne également le rôle principal, celui de Fatal Bazooka, personnage de rappeur bling-bling crée lors de ces années au Morning Live. La création du groupe Fatal Bazooka a précédé la sortie du film quelques années plus tôt avec plusieurs singles (Fous ta cagoule, Parle à ma main, Autoclash…). Le film totalise alors plus d’un million d’entrées. En 2013, il réalise son deuxième film, Vive la France, qui reçoit aussi un bon accueil. En 2017, il retrouve son personnage fétiche et tourne la suite Fatal 2.
Le 18 janvier 2020, il remporte le Grand Prix du Festival de l'Alpe d'Huez pour son troisième long-métrage, Divorce Club, qui sort en mars 2020.
Côté vie privée, Michaël Youn a partagé la vie de l’actrice Juliette Arnaud pendant plusieurs années. Mais le couple se sépare en 2004. L’acteur rencontre ensuite Elsa Pataky sur le tournage du film Iznogoud en 2004. Après deux ans de romance ils se séparent. En 2008, il rencontre Isabelle Funaro, mannequin et actrice, lors d’un mariage d’amis communs. Le couple donne naissance à une fille, prénommée Seven, le 7 juin 2011. Le 4 juillet 2019, Michaël Youn annonce sur son compte Instagram la naissance de leur fils, Stellar.